前回のQuarkにはEPS画像は貼れないということでしたが、QuarkXPress6からはEPS画像が取り込めるみたいです。
　OSXからの対応なので、OSX環境でのDTP作業ならば、Illustratorの保存形式を気にしなくてもいいのではないでしょうか？
　CSやCS2の透明効果を使っていた場合は、EPS環境で保存した場合、出力エラーが起きることがあるし…　その場合ははAI保存してInDesignに貼りこんだりして出力していたし…
　バージョンアップしていくにつれ、やはり便利にはなっていきますね。